Oddział Instytutu Pamięci Narodowej w Szczecinie rozpoczął swą działalność 1 stycznia 2005 roku. Pierwszym jego dyrektorem został Kazimierz Wóycicki, historyk, publicysta, działacz opozycji, który pełnił swoja funkcję w latach 2005–2008.
Utworzenie oddziału wiąże się z decyzją Ministra Sprawiedliwości z 17 grudnia 2003 r. w sprawie utworzenia Sądu Apelacyjnego w Szczecinie. Obszar działania IPN pokrył się z obszarem działalności Sądu Apelacyjnego tj. właściwości Sądów Okręgowych w: Gorzowie Wielkopolskim, Koszalinie i Szczecinie. W Koszalinie i Gorzowie Wielkopolskim powstały delegatury IPN, które stały się podległe oddziałowi w Szczecinie.